शोधकर्ताओं ने कंप्यूटर सहायता प्राप्त औषधि की खोज में एक नई सीमा का पता लगाया है जो ऐसी औषधियां  विकसित करने में सहायक बन सकता है, जो हानिकारक प्रोटीनों के बीच -प्रोटीन परस्पर अंतः क्रिया (इंटरेक्शन) को रोक सकती हैं जिससे कम घनत्व वाले लिपोप्रोटीन (एलडीएल) या कोलेस्ट्रॉल स्तर में वृद्धि जैसी स्थितियों का  जन्म हो सकता हैं।

प्रोटीन हमारे स्वास्थ्य के लिए महत्वपूर्ण हैं, जो कई तरह के कार्य करते हैं। हालाँकि, गलत प्रोटीन इंटरैक्शन बीमारियों का कारण बन सकते हैं। परंपरागत रूप से, वैज्ञानिकों ने छोटे अणु दवाओं को विकसित करने की कोशिश की है जो प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन (PPI) साइटों के लिए प्रतिस्पर्धी अवरोधक के रूप में कार्य करते हैं। हालाँकि, प्रोटीन इंटरैक्शन क्षेत्रों की बड़ी और चिकनी प्रकृति के कारण यह मुश्किल साबित हुआ है।

एक वैकल्पिक दृष्टिकोण PPI को रोकने के लिए बड़े पेप्टाइड्स या एंटीबॉडी का उपयोग करता है, हालाँकि ये महंगे और प्रशासित करने में मुश्किल हो सकते हैं। इसलिए दवा उद्योग छोटे अणुओं की तलाश करते हैं जिन्हें लेना आसान होता है, आमतौर पर गोली के रूप में। एक आशाजनक नई विधि में एलोस्टेरिक अवरोधक शामिल हैं – ऐसी दवाएँ जो प्रोटीन के विभिन्न भागों से जुड़ती हैं, इसके व्यवहार को बदलती हैं और हानिकारक इंटरैक्शन को रोकती हैं।

चुनौती प्रोटीन पर इन विशेष लक्ष्य बिंदुओं की पहचान करना है। शोधकर्ताओं ने उन्नत कंप्यूटर सिमुलेशन दृष्टिकोणों का उपयोग करके कार्यात्मक साइट पर एलोस्टेरिक रूप से युग्मित प्रोटीन सतह पर वैकल्पिक बंधन पॉकेट्स और हॉटस्पॉट की भविष्यवाणी और पहचान करने के लिए एक नया कम्प्यूटेशनल प्रोटोकॉल प्रस्तावित किया है।

एक परीक्षण मामले के रूप में, उन्होंने PCSK9 की जांच की, एक प्रोटीन जो कम घनत्व वाले लिपोप्रोटीन रिसेप्टर (LDLR) के साथ बातचीत करके कोलेस्ट्रॉल के स्तर को नियंत्रित करता है। PCSK9-LDLR इंटरैक्शन में वृद्धि LDL के स्तर को बढ़ा सकती है, जो हृदय रोग में योगदान देता है। PCSK9 को लक्षित करने वाले वर्तमान उपचार महंगे हैं और सभी के लिए उपयुक्त नहीं हैं। PCSK9-LDLR इंटरैक्शन को अवरुद्ध करने वाली मौखिक रूप से प्रशासित छोटी-अणु दवा खोजना परिवर्तनकारी हो सकता है।

डॉ सुमन चक्रवर्ती की टीम ने PCSK9 प्रोटीन के लक्षित भागों की पहचान करने में महत्वपूर्ण प्रगति की है। उन्होंने यह तर्क देने के लिए थर्मोडायनामिक्स का उपयोग किया कि एलोस्टेरी की द्विदिश प्रकृति एलोस्टेरिक पॉकेट्स की पहचान कर सकती है। बाध्य और अनबाउंड प्रोटीन अवस्थाओं के अनुरूप समूहों की तुलना करके, वे दवा खोज के लिए अनबाउंड अवस्था में अद्वितीय अनुरूपताओं को लक्षित करने का प्रस्ताव करते हैं। शिक्षा जगत और उद्योग जगत के बीच इस सहयोगात्मक दृष्टिकोण का उद्देश्य न केवल कोलेस्ट्रॉल को कम करना है, बल्कि औषधि डिजाइन में एक नया प्रतिमान स्थापित करना है, जो रोगों की रोकथाम के लिए प्रोटीन को अधिक प्रभावी ढंग से लक्षित करता है।

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